Su fundación se atribuye a los matlatzincas(llamados también pirindas), que eran aliados de los tarascos, fray Diego de Basalenque los describió de este modo:
«Antes que lleguemos a tratar de este pueblo y su doctrina, es necesario llevar sabido que la gente de este pueblo no es tarasca, y es de una lengua singular que se llama Pirinda, por estar en medio de los tarascos, y por otro nombre se llaman Matlatzincas trayendo la denominación de Toluca, que es de donde vinieron, y a los cuales los mexicanos llamaban Matlatzincas porque les hacían las redes con que ellos paseaban en su laguna…».
En tiempos que obtenían el michoacano cetro el tarasco, reinaba en la corte de Tzintzuntzan, un soberano llamado «CHARACU» (Rey Niño) nombre que obtuvo dada la corta edad al obtener su poderío.
Al ser del conocimiento general su corta edad, vieron la oportunidad otras culturas de aventajar en su territorio invadiéndoles por el poniente, el Soberano adolescente en junta de guerra determinó solicitar ayuda extranjera a los Matlatzincas que habitaban Toluca, seis valientes capitanes llegaron a la orden del Characu, encabezando el general Matlatzinca el ejército tarasco, labrase una de las más sangrientas batallas de momento, inclínense la balanza de victoria a su favor de los nuestros, el soberano Characú quedo agradecido, fue tal la aceptación que los mismos Matlatzincas propusieron quedarse en sus tierras solo de ser ellos ante cualquier amenaza salir al frente de sus batallas para defensa de su reino, eligieron las tierras desde Santiago Undameo, hasta Indaparapeo y algunas otras en tierra caliente quedando así en medio de la monarquía por lo que se empezaron a denominar PIRINDAS que significa «Los de en medio», en gratitud llamaron a su pueblo CHARO que significa «Rey niño» en honor al soberano, en estos Matlatzincas quedo el resguardo militar, principal sostén de la monarquía, hasta la llegada invasora española, el Calzontzi rindió el cetro, el Pirinda las armas, el primero recibió el bautizo cambiando su nombre gentil «Zinzicha Calzontzi» por el de Don Francisco I Rey de Tzintzuntzan, el pirinda recibió el nombre de Don Juan de San Miguel, dieron su primer título a la localidad como «Villa de Matlatzinco en Michoacán» nació así la fundación del Séptimo Convento de la provincia de Michoacán en el año de 1550 llamándole oficialmente «Villa de Charo de San Miguel» lugar que se caracterizó como un centro intelectual y literario, testimonio del auge de varios cronistas y escritores de alto nombre en este nuevo Michoacán. A la llegada de los españoles y frailes misioneros, fue construido el convento y la iglesia en el año de 1550, por la orden de los agustinos, quienes permanecieron en Charo hasta 1758. La Iglesia, posteriormente, pasó al clero secular.
Es importante la labor de fray Diego de Basalenque en Charo, pues fue el tipo clásico de misioneros dedicado por entero a sus tareas, dejando huellas de sus habituales trabajos en favor de los indígenas.
Fray Diego de Basalenque, escribió en este lugar obras de importancia, como su Arte y Diccionario de la Lengua Matlaltzinga y la Historia de la provincia de San Nicolás Tolentino de Michoacán.
Charo, en el siglo XVI, fue República de los Indios y corregimiento. Corría el día 20 de octubre de 1810 cuando aquí en este lugar de Charo se encontraron por última vez los caudillos del movimiento de independencia, los héroes nacionales el Cura de Dolores Don Miguel Hidalgo y Costilla, hoy llamado Padre de la Patria, y el Cura de Carácuaro Don José María Morelos y Pavón, hoy llamado Generalísimo Morelos Siervo de la Nación, comisiono el primero a Morelos, a insurreccionar el sur del país hasta la toma de Acapulco.
En 1825, con la primera Ley Territorial, aparece como cabecera de partido.
Se constituyó en tenencia, el 10 de diciembre de 1831 y el 24 de enero de 1930, se le otorgó el rango de municipio.
